L’enseignement des sciences naturelles vise à permettre aux enfants de construire une représentation rationnelle de leur environnement. Pour ce faire, il est habituel de construire des enseignements authentiques mettant en place une démarche d’investigation ancrée dans un contexte écologique particulier. Des travaux antérieurs ont décrit les effets de contexte comme des événements se produisant en situation d’apprentissage lorsque les contextes de deux acteurs sont différents. Postulant que ces effets de contexte peuvent être considérés non comme une limite à l’apprentissage mais comme un atout, nous avons mis au point une innovation pédagogique afin d’observer, de décrire et de modéliser les modalités d’émergences des effets de contextes. Les apprentissages étudiés portent sur l’étude de grenouilles singulières (Lithobates catesbeianus, Euleutherodactylus sp.) par des enfants de 10 à 13 ans de Guadeloupe et du Québec. La séquence pédagogique inclut notamment un environnement numérique de travail, des visioconférences régulières et une démarche d’investigation sur le terrain assisté par ordinateur. Dans une méthodologie de design based research, des données de différents types (questionnaires, enregistrements, productions d’élève par exemple) ont été collectées. Les résultats préliminaires permettent de décrire différents types d’expression des effets de contexte. Une modélisation de leur émergence est menée à partir des différences entre les contextes écologiques sur lesquels les élèves travaillent. Elle vise à fournir des outils prédictifs pour le chercheur comme pour le concepteur d’enseignement.